正治元年
（1199）正月十三日源赖朝突然死亡，两年后正月发生梶原景时流放事件，接着是比企能员被诛杀，二代将军源赖家流放伊豆后不久被暗杀，畠山重忠事件，因为牧の方的牵连而致北条时政倒台，和田义盛事件。种种血腥的阴谋与内斗次第发生，期间大王旗变化之瞬疾叫人无法适应。
在一次次的争斗间镰仓幕府武家政权的归属日渐明朗，然而远在京都一心要讨灭幕府，回复皇权的后鸟羽上皇和顺德天皇眼里，这一切却成为幕府日渐衰退、弱化的表征。
建保六年十月二十一日，在后鸟羽上皇与顺德天皇父子的谋划下，加封才出生的皇子怀成为亲王格，五日后再封为皇太子。
第二年承久元年（1219）正月，听闻三代将军源实朝暗杀事件以后，后鸟羽、顺德父子加快了倒幕计划的准备，同时京都与镰仓的关系也迅即恶化。
承久三年四月二十日
朝廷决定正式倒幕。五月，顺德天皇让位于四岁的怀成亲王，是为仲恭天皇。
顺德上皇交让皇位的缘由应该是凭借院政的力量在承久之乱中顺利实施讨幕的方针吧。
仲恭天皇是顺德天皇的长子，“承久之乱”时，他才3岁。他登基后，京都随即被幕府军占领，无辜的幼儿天皇也被殃及，从天皇的宝座上被赶了下来。他只在位77天，而且从未举行过即位仪式，所以历来不被列入正统，而被称为“废帝”。直到1870年，才得以挤进125名天皇系列。
面对院厅的挑战，源赖朝的遗孀“尼姑将军”北条政子亲自召集御家人商议对策，她声泪俱下地劝说御家人们同心同德抗击院厅的武装行动。以关东武士为代表的武士阶级，在幕府面临危机的形势下，表现出精诚团结的精神。当北条义时的弟弟、儿子北条泰时与北条时房率军西行的时候，全国的武士都争先恐后地参加其中，很快集合了19万大军。
相反的是，1221年5月，后鸟羽上皇在调遣手下武士消灭了幕府派驻京都的守护之后，向全国发布了讨伐幕府执权北条义时的敕令。然而，敕令发出后响应者极少，并没有出现上皇所期待的讨幕局面。6月15日，幕府军队进入京都，后鸟羽上皇手下的1700名皇室军队很快落败，后鸟羽上皇撤销讨伐命令，俯首投降。这次动乱，史称“承久之乱”，以皇室失败而告终。
北条氏攻占京都
强迫仲恭天皇退位，立高仓天皇的10岁孙子即位，为后堀河天皇。但是幕府无法废除或取代天皇制度，因为天皇不但是世俗的统治者，同时又具有宗教意义上的权威。在平民百姓的思想中，天皇的地们是神圣不可代替的。所以幕府虽然能够废黜某个天皇，但只能让皇族中另一个人即位，既不能废除天皇制也不能建立新王朝。